Per vedere il calendario completo vai alla pagina Speciale Coppa Intertoto 2008.
N.B.: le squadre evidenziate in grassetto passano al 3º turno.
| 12 luglio 2008: risultati 2º turno ritorno
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| Gorica - Černomorec 919 Burgas |
0 - 2
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| Sivasspor - Grbalj |
1 - 0
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| Besa Kavajë - Grasshoppers |
0 - 3
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| Bnei Sakhnin - Renova |
1 - 0
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| Panionios - OFK Belgrado |
3 - 1
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| Neftchi Baku - Germinal Beerschot |
1 - 0
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| Etzella Ettelbruck - Saturn Ramenskoe |
1 - 1
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| Tavriya Simferopoli - Tiraspol |
3 - 1
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| Shakhtyor - Sturm Graz |
0 - 0
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| Honvéd - Teplice |
0 - 2
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| Odense - Turun Palloseura |
2 - 0
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| Elfsborg - Hibernian |
2 - 0
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| Rosenborg - Ekranas |
4 - 0
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| Bohemians - Rīga |
2 - 1
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